En el año 1920 y en la cartera del Ministerio de Salubridad Pública de aquel entonces, encontrándose a cargo del Dr. Manuel Yaniario Arriola, quien era originario de esta ciudad de Totonicapán, en muchos pueblos de la república no se contaba con hospitales, ni siquiera con centros asistenciales para atender la salud de la población, pero afortunadamente sí se contaba con buenos ciudadanos que conocían muy de cerca las necesidades de los habitantes, quienes aportaron su esfuerzo para lograr que se iniciaran las gestiones para la construcción de un Hospital, el cual era tan necesario. Cabe mencionar que en ese entonces Don Luis Alfredo Arango de León (vecino de Totonicapán) desempeña en la comuna el cargo de Tesorero Municipal, por lo que pudo encontrar la solución que con buena voluntad podría ayudar en parte a la facilitación del dinero necesario para tal proyecto, como una parte de la comuna y no como un compromiso presupuestario que según cuenta la historia estos fondos iniciales se adquirieron de los impuestos que procedían del destace del ganado del matadero municipal.

Así fue como después de los trámites pertinentes, el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social aprobó el proyecto «Un Hospital en la cabecera departamental de Totonicapán», un sueño hecho realidad. Desde hacerse notar que afortunadamente para ese entonces ya se contaba con un edificio que precisamente no se había construido para un hospital, sino para una escuela de las creadas durante la administración presidencial de Manuel Estrada Cabrera y que se llamó Escuela Practica para Varones de Totonicapán y fue allí donde se fundó por primera vez el Hospital Nacional «Dr. José Felipe Flores» en el mes de Marzo del año 1,926, era presidente en ese entonces el General José María Orellana. También cuenta la historia que el primer director del Hospital fue el Sr. Juan Bagur, quien fungió también como tesorero del mismo.

Posteriormente al pasar los años y por el deterioro del edificio en donde funcionaba dicho Hospital se vieron en la necesidad una vez más de gestionar ante el Ministerio de Salud la construcción de un nuevo edificio para su funcionamiento y fue así como el 15 de marzo de 1980 se inauguró el edificio en donde hoy funciona el Hospital Nacional de Totonicapán. Actualmente el hospital está ubicado a 3 kilómetros de la cabecera municipal. La razón por lo cual lleva el nombre fue en honor y grata memoria al doctor en medicina José Felipe Flores, quien obtuvo su doctorado en el año 1,780 y quien dedicó su vida a investigar sobre la Anatomía Humana.